Encykliki
1. Redemptor hominis (Odkupiciel człowieka)– 4 marca 1979. Pierwsza encyklika Jana Pawła II (przyjęta z wielkim zainteresowaniem i z aprobatą), zarazem pierwsza z cyklu trynitarnego, podejmującego nową interpretację Boga jako Trójcy Świętej. Temat: Jezus Chrystus jako Syn Boży. Analiza "Boskiego" oraz "ludzkiego wymiaru Odkupienia", w tym ofiary Chrystusa na krzyżu jako przejawu miłości do każdej osoby, co ukazuje godność ludzką. Słynne zdanie: "Człowiek nie może żyć bez miłości" (a jest nią finalnie Bóg). Encyklikę interpretowano jako manifest personalizmu i humanizmu chrześcijańskiego.
2. Dives in Misericordia (Bogaty w Miłosierdziu) – Podtytuł: O Bożym Miłosierdziu; 30 listopada 1980. Druga encyklika trynitarna. Temat: Bóg-Ojciec. Analiza miłosierdzia jako najwyższego przymiotu Stwórcy: przejawu Jego miłości do każdej osoby ludzkiej, co umacnia jej godność. Osobny rozdział zawiera interpretację egzystencjalną przypowieści o synu marnotrawnym (Łk 15,11-32). W interpretacjach wskazywano związek z Dzienniczkiem św. Faustyny Kowalskiej, którego wizję Miłosierdzia Bożego papież analitycznie i twórczo rozwinął.
3. Laborem exercens (Z pracy) – O pracy ludzkiej – 14 września 1981
4. Slavorum apostoli (Apostołowie Słowian)– Na 1100 rocznicę dzieła ewangelizacji Św. Cyryla i Metodego – 2 czerwca 1985
5. Dominum et Vivificantem (Pana i Ożywiciela) – Podytuł: O Duchu Świętym w życiu Kościoła i świata; 18 maja 1986. Trzecia encyklika trynitarna. Temat: Duch Święty. Studium unaoczniania się Boga jako osobowej miłości. Analiza pojęć biblijnych ("ruah", "nefesh", "Parakletos"). Duch Święty zapowiedziany przez Chrystusa w toku Ostatniej Wieczerzy - jako osobowe tchnienie miłości Boga ku ludziom, przenikające świat. "Grzech' jako akt wolnej woli człowieka: zamknięcie na ducha miłości. Uznawana za najtrudniejszą encyklikę Jana Pawła II.
6. Redemptoris Mater (Matka Odkupiciela)– Błogosławiona Maryja Dziewica w życiu pielgrzymującego Kościoła – 25 marca 1987
7. Sollicitudo rei socialis (Społeczna troska)– Społeczna troska – 30 grudnia 1987
8. Redemptoris missio (Misja Odkupiciela)– O stałej aktualności posłania misyjnego – 7 grudnia 1990
9. Centesimus annus (Stulecie) – W stulecie encykliki Leona XIII Rerum Novarum – 1 maja 1991
10.Veritatis splendor (Blask prawdy)– Podstawowe problemy nauczania moralnego Kościoła – 6 sierpnia 1993
11.Evangelium vitae (Ewangelia życia)– O wartości i nienaruszalności życia ludzkiego – 25 marca 1995
12.Ut unum sint (tytuł zachowany w tekście polskim w wersji łacińskiej; sens: 'Aby byli jedno')– O działalności ekumenicznej – 25 maja 1995
13.Fides et ratio (Wiara i rozum)– O relacjach między wiarą a rozumem – 14 września 1998
14.Ecclesia de Eucharistia (Kościół dzięki Eucharystii) – Eucharystia w życiu Kościoła – 17 kwietnia 2003
Listy apostolskie - najważniejsze
1. Salvifici doloris
2. Mulieris dignitatem
Adhortacje apostolskie
1. Catechesi tradendae– O katechizacji w naszych czasach – 1979
2. Familiaris consortio– O zadaniach rodziny chrześcijańskiej w świecie współczesnym – 1981
3. Redemptionis donum– O konsekracji zakonnej w świetle tajemnicy odkupienia – 1984
4. Reconciliatio et paenitentia – O pojednaniu i pokucie w dzisiejszym posłannictwie Kościoła – 1984
5. Christifideles laici – O powołaniu i misji świeckich w Kościele i w świecie dwadzieścia lat po Soborze Watykańskim II – 1988
6. Redemptoris custos– O świętym Józefie i jego posłannictwie w życiu Chrystusa i Kościoła – 1989
7. Pastores dabo vobis– O formacji kapłanów we współczesnym świecie – 1992
8. Ecclesia in Africa– O Kościele w Afryce – 1995
9. Vita Consecrata– O życiu konsekrowanym i jego misji w Kościele i w świecie – 1996
10.Ecclesia in America – O Kościele w Ameryce – 1999
11.Ecclesia in Asia– O Kościele w Azji – 1999
12.Ecclesia in Oceania– O Kościele w Oceanii – 2001
13.Ecclesia in Europa– O Kościele w Europie – 2003
14.Pastores gregis– O biskupie, słudze Ewangelii Jezusa Chrystusa dla nadziei świata – 2003
Konstytucje apostolskie1. Sapientia Christiana– o uniwersytetach i wydziałach teologicznych – 1979
2. Magnum Matrimonii Sacramentum– prawne uznanie Papieskiego Instytutu Studiów nad Małżeństwem i Rodziną – 1982
3. Ut sit– o powołaniu Prałatury Personalnej Świętego Krzyża i Opus Dei – 1982
4. Sacrae Disciplinae Leges– ogłoszona z okazji wprowadzenia nowego kodeksu prawa kanonicznego – 1983
5. Divinus perfectionis Magister– określająca zasady postępowania beatyfikacyjnego i kanonizacyjnego – 1983
6. Spirituali Militum Curae– o duszpasterstwie żołnierzy – 1986
7. Pastor Bonus– o odnowie i reformie Kurii Rzymskiej – 1988
8. Ex corde Ecclesiae– o uniwersytetach katolickich – 1990
9. Sacri canones- ogłoszona z okazji wprowadzenia kodeksu kanonów Kościołów wschodnich - 1990
10.Fidei depositum– z okazji publikacji Katechizmu Kościoła Katolickiego 1992
11.Universi Dominici Gregis– o wakacie Stolicy Piotrowej – 1996